Regulation of E. coli F defence systems during T5 infection
Bacteriophages are natural predators of bacteria and are found wherever bacteria live, which drives their constent coevolution. Bacteria have therefore developed anti-phage defence systems (APDS). While the molecular mechanisms of these systems have been extensively studied, their regulation remains poorly understood, and elucidating it is essential for a deeper understanding of bacteria–phage interactions. Our objective is to study the regulation of E. coli F APDS genes: does physiological state or phage infection impact APDS gene expression? Do these APDS act synergistically? My PhD project is structured around two main axes:
- Characterizing this APDS gene regulation at the single-cell level,
- Identifying how T5 genes interfere with E. coli F APDS gene expression.
To answer these questions, we combine time-lapse fluorescence microscopy with transcriptomic approaches, including RT-qPCR and RNA-seq.
Régulation des systèmes de défense d’ E. coli F lors de l’infection par T5
Les bactériophages sont les prédateurs naturels des bactéries et se trouvent partout où celles-ci vivent, ce qui entraîne leur coévolution constante. Les bactéries ont donc développé des systèmes de défense anti-phage (APDS). Alors que les mécanismes moléculaires de ces systèmes ont été largement étudiés, leur régulation reste mal comprise ; l’élucider est pourtant essentiel pour une compréhension approfondie des interactions bactéries-phages.
Notre objectif est d’étudier la régulation des gènes APDS d’ E. coli F : l’état physiologique ou l’infection phagique impactent-ils l’expression de ces gènes ? Ces APDS agissent-ils en synergie ? Mon projet de doctorat s’articule autour de deux axes principaux :
Caractériser la régulation de ces gènes APDS à l’échelle de la cellule unique (single-cell).
Identifier comment les gènes du phage T5 interfèrent avec l’expression des gènes APDS d’ E. coli F.
Pour répondre à ces questions, nous combinons la microscopie de fluorescence à retardement (time-lapse) avec des approches transcriptomiques, incluant la RT-qPCR et l’RNA-seq.
