Uncovering novel RNA-mediated regulators of sporulation in Bacillus subtilis
To survive nutrient deprivation, sporulation is one of the strategies employed by some Gram-positive bacteria. This cellular differentiation leads to the formation of an endospore resistant to a range of harsh conditions, such as heat, UV radiation, desiccation and chemical agents. This confers extensive resilience on sporulating bacteria, some of which are pathogenic and still represent a public health concern. Decades of research into its development in the non-pathogenic model organism Bacillus subtilis have revealed numerous transcriptional and post-translational regulatory mechanisms.
However, several studies suggest that post-transcriptional regulation also plays an important role in this process. Although some RNA-binding proteins (RBPs) and non-coding RNAs have been studied, their overall contribution remains poorly understood. To address this, we adapted the high-throughput approach of OOPS (Orthogonal Organic Phase Separation) for the first time in B. subtilis to specifically purify the RNA-binding proteome (RBPome). This strategy enabled us to track the dynamics of the RBPome during sporulation and reveal major rearrangements. Consequently, we have identified novel candidate RNA-mediated post-transcriptional regulators of sporulation. Selected proteins are currently being further characterized to elucidate their functions and RNA targets
Découvrir de nouveaux régulateurs de la sporulation médiés par l’ARN chez Bacillus subtilis
Pour survivre à la carence en nutriments, la sporulation est l’une des stratégies employées par certaines bactéries Gram-positives. Cette différenciation cellulaire conduit à la formation d’une endospore résistante à toute une série de conditions extrêmes, telles que la chaleur, les rayonnements UV, la dessiccation et les agents chimiques. Cela confère une grande résilience aux bactéries sporulantes, dont certaines sont pathogènes et représentent toujours un problème de santé publique. Des décennies de recherche sur son développement chez l’organisme modèle non pathogène Bacillus subtilis ont révélé de nombreux mécanismes de régulation transcriptionnelle et post-traductionnelle. Cependant, plusieurs études suggèrent que la régulation post-transcriptionnelle joue également un rôle important dans ce processus.
Bien que certaines protéines de liaison à l’ARN (RBP) et certains ARN non codants aient été étudiés, leur contribution globale reste mal comprise. Pour y remédier, nous avons adapté pour la première fois chez B. subtilis l’approche à haut débit OOPS (Orthogonal Organic Phase Separation) afin de purifier spécifiquement le protéome de liaison à l’ARN (RBPome). Cette stratégie nous a permis de suivre la dynamique du RBPome pendant la sporulation et de révéler des réarrangements majeurs. Par conséquent, nous avons identifié de nouveaux candidats régulateurs post-transcriptionnels de la sporulation médiés par l’ARN. Les protéines sélectionnées sont actuellement en cours de caractérisation plus approfondie afin d’élucider leurs fonctions et leurs cibles ARN.
